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  • 项目名称: PacBio转录组

概述

  近年来,随着高通量测序技术的发展,转录组测序已经成为研究基因表达调控的主要手段。但是由于二代测序技术读长的限制,其拼接出来的转录本并不完整,准确性也大大折扣。健海生物基于PacBio单分子实时测序技术,可构建不同插入片段的文库,并借助其超长读长优势,所测即所得、不再需要组装,就可以直接得到高质量的全长转录本的信息。

技术优势

  PacBio平台的平均读长已经达到10K以上,其长度已经超过一般转录组中典型的基因的长度,可以直接得到全长转录本信息,指标几乎超过二代3倍;
  PacBio和二代测序平台相比,能准确的鉴定转录异构体;
  PacBio和二代测序平台相比,转录本覆盖更均匀;
  经过我们开发的严格的算法,可以得到最高质量的全长转录本,准确性高达99%以上; 

研究内容

一、标准信息分析(无参考基因组)

  1)基本数据处理
  2)根据序列结构对raw data进行拆分
  3)过滤接头,低质量,以及过短的序列
  4)根据reads读到接头与polyA的情况,区分全长与非全长转录本
  5)对全长转录本进行聚类,得到一致性序列
  6)用所有reads对一致性序列进行比对纠错,得到高质量的全长转录本
  7)对多个文库的数据进行合并去冗余,得到该项目的最终高质量全长转录本
  8)全长转录本比对数据库注释(Nr、Nt、Swissprot、KEGG、GO、COG 和Interpro)
  9)预测编码蛋白框(CDS)
  10)SSR预测

二、定制化信息分析

  可结合客户的需求,协商确定定制化信息分析内容。