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  • 项目名称: ChIP测序

概述

  染色质免疫共沉淀(ChIP)是在体内环境中研究蛋白质与DNA相互作用的经典实验方法,广泛应用于组蛋白修饰、特定转录因子的基因调控作用等相关领域。随着新一代测序技术的发展和成熟,染色质免疫沉淀实验与高通量测序的整合——Chromatin Immunoprecipitation Sequencing (ChIP Sequencing ),可在全基因组范围对蛋白结合位点进行高效而准确的筛选与鉴定,同时也为研究的深入开展打下基础。

采用特异性抗体对目的蛋白进行免疫沉淀后,分离与其结合的基因组DNA片段,再通过高通量测序与数据分析,在全基因组范围内寻找目的蛋白的DNA结合位点,并且可以基于多个样品进行差异比较。

技术优势

  检测范围广:全基因组范围的免疫沉淀与测序分析;
  高性价比:基于抗体富集目标区域,有效降低测序数据量;
  微量样本:只需5ng(仅针对人类样本)以上免疫沉淀后的DNA,即可进行测序分析。

研究内容

一、标准信息分析

  1. 去接头污染,去低质量reads和产量情况统计
  2. ChIP测序序列与参考基因组序列的比对
  3. ChIP测序唯一reads在全基因组的分布
  4. 统计ChIP测序数据富集区域(Peak)的信息
  5. Peak相关基因筛选与GO功能聚类分析、Pathway分析
  6. 多个样品间的定量差异分析
  7. UCSC genome browser使用说明

二、定制化信息分析

  可结合客户的需求,协商确定定制化信息分析内容。

技术参数

一、 样本要求

  样品类型:DNA 样品;

  总量:≥ 10 ng ChIPed DNA(人类样本可以低至5ng);
  浓度:≥ 1 ng/μL;
  纯度:OD260/280= 1.8 -2.0;
  DNA片段大小:分布在100~500 bp范围,且主带明显。请提供DNA打断后的检测胶图以确定DNA片段大小是否符合要求,并请附加一份详细的样品信息单并提供ChIP后的q-PCR验证结果;
  提供以下抗体的ChIP富集实验:
  标准抗体:H3K4Me3,H3K4Me2,H3K9Me3,H3K9Me2,H3K27Me3,H3K27Me2。

二、测序策略

  50 SE。

三、推荐数据量

  20M或40M clean reads。

四、项目执行周期

  25个以下的免疫沉淀后的DNA样品,标准流程(仅包括标准信息分析)的运转周期约为30个工作日;

  12个以下的细胞系样品,标准流程(仅包括标准信息分析)的运转周期约为42个工作日;
  样品数更多时,项目周期根据项目规模而定。

五、合格指标

  产生不低于合同规定的clean reads