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  • 项目名称: 宏转录组调查

概述

  宏转录组调查是对环境微生物群落动态结构与功能的调查,通过对环境样品中所有微生物集合的转录产物进行高通量测序组装,无需参考序列,即可直接获得转录产物相对丰度。通过基因预测软件,挖掘RNA水平的功能基因,揭示微生物在不同环境条件下的基因调节调控和表达的差异性,并据此推断相应未知基因的功能,探究特定调节基因调控基因的作用机制,对微生物群落与环境之间的相互作用和不同生态位的代谢策略进行研究。

技术优势

  摆脱传统研究需对微生物分离纯培养、克隆等的技术限制
  可根据客户要求量身定制个性化信息分析
  能获取环境微生物中动态结构与功能的信息

研究内容

一、标准信息分析

1)原始数据处理
  去除低质量reads、去除接头序列
  去除rRNA
  去宿主污染(需提供宿主参考基因组)
2)序列拼接
  构建contig
  contig长度统计
  Reads利用率统计
3)基因组组分
  基因成分
4)基因表达
  基因覆盖度、覆盖深度统计
  基因表达量计算
5)基因功能注释
  基于Nr数据库的功能注释(包含基因物种注释信息)
  基于KEGG 数据库的功能注释
  基于CAZy(Carbohydrate-Active Enzymes)数据库的功能注释
  基于GO 数据库的功能注释
  基于eggNOG (evolutionary genealogy of genes: Non-supervised Orthologous Groups)数据库的功能注释
  基于COG数据库的功能注释
  抗生素抗性因子注释
6)差异表达分析(两个或两个以上样品)
  差异表达基因的筛选
  差异基因表达模式聚类分析
  差异表达基因物种注释
  差异表达基因 KEGG Pathway、GO 功能显著性分析

二、定制化分析case by case

  可结合客户的需求,协商确定信息分析内容。