欢迎访问河北健海生物 北京健海华创生物科技有限公司官网!

400-660-7557
  •  
  •  

联系我们

客服电话:400-660-7557
技术服务:0311-66685383
公司地址:河北省石家庄市高新技术开发区黄河大道136号科技中心12F

您现在的位置:网站首页科研服务DNA类表观组学 > RRBS
  • 项目名称: RRBS

概述

  Reduced Representation Bisulfite Sequencing(RRBS)是一种准确、高效、经济的DNA甲基化研究方法,通过酶切富集启动子及CpG岛区域,并进行Bisulfite测序,同时实现DNA甲基化状态检测的高分辨率和测序数据的高利用率。DNA甲基化研究一直是疾病研究的热点,与基因表达、表型性状息息相关。RRBS作为一种高性价比的甲基化研究方法,在大规模临床样本的研究中具有广泛的应用前景。

技术优势

  精确度高:在其覆盖范围内可达到单碱基分辨率;
  重复性好:多样本的覆盖区域重复性可达到85%-95%,适用于多样本间的差异分析;
  检测范围广:覆盖全基因组范围内超过5百万个CpG位点;
  性价比高:测序区域更有针对性,数据利用率更高。

研究内容

一、标准信息分析

  1. 数据产出统计:对测序结果进行图像识别、去污染、去接头,统计结果包括read长度、read数据、数据产量;
  2. RRBS序列与参考序列的比对;
  3. Promoter和CpG岛(CGI)覆盖度分析;
  4. Promoter和CGI区甲基化分析;
  5. 差异性甲基化区域(DMR)分析。

二、定制化信息分析

  可结合客户的需求,协商确定定制化信息分析服务内容。

技术参数

一、 样本要求

  总量:≥ 3 μg DNA(常规样本),≥ 5 μg DNA(FFPE或降解DNA样本);

  纯度:OD260/280 = 1.8-2.0;
  样品完整性:DNA无明显降解与蛋白污染,需提供凝胶电泳检测胶图;
  适用物种:人和小鼠。

二、 测序策略

  50 PE

三、推荐数据量

  3G或5G clean data。

四、项目执行周期

  单个样品标准流程(上图)的运转周期约为45个工作日。遇样品数较多时,项目周期根据项目规模而定。

五、合格指标

六、产生不低于合同规定的clean data。