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  • 项目名称: 全基因组Bisulfite甲基化测序

概述

  DNA甲基化是重要的表观遗传学标记信息,获得全基因组范围内所有C位点的甲基化水平数据,对于表观遗传学的时空特异性研究具有重要意义。我们以新一代高通量测序平台为基础,结合全基因组Bisulfite处理和生物信息数据分析技术,进行低成本、高效率、高准确度的全基因组DNA甲基化水平图谱绘制。特定物种的高精确度甲基化修饰模式的分析,必将在表观基因组学研究中具有里程碑式的意义,并为细胞分化、组织发育等基础机制研究,以及动植物育种、人类健康与疾病研究奠定基础。

技术优势

  检测精度高:单碱基分辨率,精确分析每一个C碱基的甲基化状态;
  效率高,耗时少:借助新一代高通量测序平台,对全基因组5mC信息进行高效扫描
  性价比高:相对于传统PCR+Sanger测序方法,费用少

研究内容

一、标准信息分析

  Bisulfite测序序列与参考基因组比对
  测序深度和覆盖度分析:C碱基有效测序深度的累计分布统计和不同reads测序深度下的基因组覆盖度;
  C碱基甲基化水平评估:C、CG、CHG和CHH平均甲基化水平;
全基因组甲基化水平分布趋势
  1) 甲基化C碱基中CG、CHG和CHH的分布比例;
  2) CG、CHG和CHH中的所有C的甲基化水平;
  3) 各条染色体、不同基因区域和不同基因元件区域中CG、CHG和CHH中C的甲基化水平;
  4) CHG和CHH中甲基化C附近9 bp的序列特征分析;
  5) 全基因组甲基化图谱:染色体水平的甲基化C碱基密度分布,不同基因组区域和转录元件中的DNA甲基化水平;
  6) 差异性甲基化区域分析(DMR)。

二、定制化信息分析

  可结合客户的需求,协商确定定制化信息分析内容。

技术参数

一、 样本要求

  1. 样品类型:DNA 样品;
  2. 样品需求量:依单个样品所需数据量而定;

每样品数据量(clean data)

≤40 G bp

41-80 G bp

81-120 G bp

每样品所需DNA量

≥10 µg

≥20 µg

≥30 µg

  备注:上述样品总量为满足两次及两次以上建库的样品标准。
  3. 样品纯度:OD260/280 = 1.8~2.0;
  4. 样品完整性:DNA 无明显降解,需提供凝胶电泳检测胶图;
  5. 其他注意事项
    1) 采用QUBIT 对 DNA样品进行检测,最终DNA量以健海生物的检测结果为准;
    2) 若DNA总量超过样品要求,可以进行样品备份;
    3) 项目完成后,将不再保存剩余样品。

二、 项目执行周期

  单个样品标准流程的运转周期约为55个工作日。由于Bisulfite项目,不同的物种所需的数据量不同,所需的建库数差别很大,因此遇样品数较多时,项目周期需要跟技术支持人员确定。

三、产品合格指标

  产生不低于合同规定的clean data。