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  • 项目名称: 免疫组库测序

概述

  免疫组库(Immune Repertoire,IR)是指在任何指定时间,某个个体的循环系统中所有功能多样性B细胞和T细胞的总和。免疫组库测序(Immune Repertoire sequencing(IR-SEQ))是以 T/B 淋巴细胞为研究目标,以多重PCR或5’RACE技术目的扩增决定B细胞受体(BCR)或T细胞受体(TCR)多样性的互补决定区(CDR区),再结合高通量测序技术,全面评估免疫系统的多样性,深入挖掘免疫组库与疾病的关系。

技术优势

  一站式服务:提供从CDR的扩增、建库、测序、后续信息分析以及数据挖掘一系列全方位的服务;
  丰富的测序平台:可根据要求选择Hiseq2000、Hiseq2500或Miseq平台;
  富有针对性的研究方法:专门针对CDR3的V区及J区两端设计引物,目的扩增CDR3区域,其中的TRA、IGH、IGK/IGL都已经成功申请专利;
  高保真的扩增技术:采用多重PCR或5’RACE技术,实现不同克隆等效扩增,Unique克隆数高达105。

研究内容

标准信息分析

1、基本数据统计
  数据过滤,对原始数据进行去除接头污染序列及低质量reads的处理
  数据搭建,数据拼接,消除测序背景及有效数据构建
  数据统计,数据产出统计及测序数据的成分和质量评估
2、数据比对分析
  比对分析,与数据库(IMGT)V/D/J基因片段比对
  重新比对,寻找最佳V/D/J比对结果
3、序列结构分析
  分析CDR序列组成及序列碱基成分
  分析CDR序列的碱基插入和缺失
  编码CDR序列翻译成氨基酸和肽链
4、免疫组库构建
  构建免疫组库表达谱,统计多样性抗体库克隆表达情况
  免疫组库多样性呈现,绘制V/J基因表达的2D、3D图
5、免疫组库差异分析
  样品间多样性差异分析(辛普森系数、香农威纳系数)
  样品间克隆表达差异分析(CDR3,V-D-J)
  分组样品间的克隆表达差异分析(CDR3,V-D-J)
  可结合客户的需求,协商定制化信息分析内容

技术参数

一、 样本要求

  总量:DNA≥ 2.5 µg ;RNA≥ 5µg

  浓度:DNA≥ 37.5 ng/µL;RNA≥ 200 ng/µL
  DNA样本要求无降解或轻微降解;RNA样本要求无降解,RIN≥ 7.0,28S/18S≥ 1.0。

二、 测序策略

 

  Hiseq2000一般推荐选择PE101,也可根据项目实际需要选择不同平台和测序策略。

三、推荐数据量

  推荐数据量:至少2G clean data。

四、项目执行周期

  按标准流程(不包括高级信息分析),100个样本的运转周期约为50个工作日。

五、项目合格指标

  产生不低于合同规定的clean data。

  提交项目结题报告文档,说明项目完成情况

技术流程