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  • 项目名称: 真菌de novo测序

概述

  真菌的基因组通常较大且复杂,传统的技术无法满足真菌全基因研究的大数据量需求,新一代高通量测序技术, 以其高通量,高准确率,周期快的特点,为真菌的研究提供强有力的支撑,可用于预测真菌的重要基因和蛋白以了解其功能和可能机制;在研究植物致病性真菌方面,可以鉴定致病真菌与农作物互作及致病的相关基因,并可用于研究与其近缘物种的进化关系,比较基因组研究等;在食用真菌和药用真菌的研究方面,可以用于发现真菌复杂的代谢途径,鉴定其对人有益的代谢产物,比较基因组等;另外还可用于生物防治真菌的研究,工业酵母菌的研究等。

技术优势

  高性价比:低价获得 50× coverage的全基因组数据,及其组装结果

  快速精准:摆脱传统研究方法,从碱基水平获得物种真实信息

研究内容

一、数据处理

  1.去除接头污染和低质量数据;

  2.产出数据及质控统计;

二、基因组组装及概况(GC-depth 分析,k-mer 分析,NT 库比对)

三、基因组组分分析

  1.基因成分;

  2.重复序列;

  3.真菌非编码 RNA 预测。

四、基因功能分析

  1.通用功能注释(默认 KEGG, SwissProt, GO,  可选 Nr,COG);

  2.病原真菌致病性研究;

  3.病原与宿主互作数据库(PHI)注释;

  4.碳水化合物相关酶(CAZy)数据库注释;

  5.细胞色素 P450 数据库注释

  6..分泌蛋白预测

五、信息挖掘推荐

  1.数据注释结果的初级应用;

  2.不同类型真菌基因组分析推荐

六、比较基因组

  1.结构变异(共线性);

  2.基因家族

  3.共有基因和特有基因

  4.物种进化(基于共有基因和特有基因或基因家族构建系统发育树)

七、定制化信息分析

  1.可结合客户的需求,协商确定定制化信息分析内容。

技术参数

一、 样本要求

  样本类型:基因组DNA

  样本量及浓度:
  小片段文库(≤800bp):m≥2.5 μg,c≥25 ng/μL
  2-6 K文库:m≥20 μg,c≥133 ng/μL
  10 K文库:m≥30 μg,c≥133 ng/μL

二、 项目执行周期

  标准流程的运转周期为35-55个工作日

三、项目合格指标

  初级组装:产生不低于50×的数据量

  高级组装:产生不低于100×的数据量,Scaffold N50≥300kb