欢迎访问河北健海生物 北京健海华创生物科技有限公司官网!

400-660-7557
  •  
  •  

联系我们

客服电话:400-660-7557
技术服务:0311-66685383
公司地址:河北省石家庄市高新技术开发区黄河大道136号科技中心12F

您现在的位置:网站首页科研服务DNA类de novo > 动植物de novo测序
  • 项目名称: 动植物de novo测序

概述

  从头测序即de novo 测序,不需要任何参考序列资料即可对某个物种进行测序,用生物信息学分析方法进行拼接、组装,从而获得该物种的基因组序列图谱。利用全基因组从头测序技术,可以获得动物、植物、细菌、真菌的全基因组序列,从而推进该物种的研究。一个物种基因组序列图谱的完成,意味着这个物种学科和产业的新开端!这也将带动这个物种下游一系列研究的开展。全基因组序列图谱完成后,可以构建该物种的基因组数据库,为该物种的后基因组学研究搭建一个高效的平台;为后续的基因挖掘、功能验证提供DNA序列信息。健海生物利用新一代高通量测序技术,可以高效、低成本地完成所有物种的基因组序列图谱。 

技术优势

    高通量测序:效率高,成本低;
    高深度测序:准确率高;
    全球领先的基因组组装软件:SOAPdenovo软件;
    经验丰富:已经成功完成几百个物种的全基因组从头测序。 

研究内容

一、基因组survey

    1. K-mer分析以及基因组大小估计;
    2.基因组杂合模拟(出现杂合时使用);
    3.初步组装;
    4.GC-Depth分布分析。

 二、基因组组装

    1.测序结果深度组装;
    2.GC 含量分布分析;
    3.测序深度分析;
    4.常染色体区域覆盖度评估(需要客户提供 BAC 或者 Fosmid 序列);
    5.基因区覆盖度评估(需要客户提供 EST 或者转录组序列)。

 三、基因组注释

    1.Repeat注释;
    2.基因预测;
    3.基因功能注释;
    4.ncRNA注释。

 四、动植物进化分析

    1.基因家族鉴定(动物TreeFam、植物OrthoMCL);
    2.物种系统发育树构建;
    3.物种分歧时间估算(需要标定时间信息);
    4.基因组共线性分析;
    5.全基因组复制分析(动物WGAC、植物WGD)

 

技术参数

一、 样本要求

  样品类型:DNA样品;

  样品需求量(单次):小片段文库≥ 3 μg;2 kb大片段文库≥20 μg;5kb-6kb大片段文库≥ 20 μg;10kb文库≥30μg ;20 kb和40kb大片段文库≥ 60 μg;PCR-free文库≥ 30 μg;总样品量需根据实验策略,如建库类型及建库数量而定;
  样品浓度:对于小片段文库≥ 30 ng/μl;对于大片段文库≥133ng/μl;
  样品质量:基因组完整;
  样品纯度:OD260/280= 1.8~2.0。

二、 项目执行周期

  动植物

  Survey的标准流程运转周期约为2个月

  普通基因组标准流程的运转周期为6个月

  复杂基因组标准流程的运转周期为1年

三、项目合格指标

  动植物基因组指标

物种(Species)

组装指标

鸟类、哺乳动物(除翼手目)

Contig N50 ≥30 kb  Scaffold N50 ≥ 2 Mb

植物

Contig N50 ≥ 30 kb  Scaffold N50 ≥ 800 kb

其他

Contig N50 ≥ 20 kb  Scaffold N50 ≥ 600 kb

复杂基因组

Contig N50 ≥ 20 kb  Scaffold N50 ≥ 300 kb