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概述:

  Shotgun文库构建是将目的DNA用机械剪切的方法随机剪切成合适的小片段,并与载体连接构建的文库。Shotgun文库构建及测序有以下应用:
  小型基因组测序,包括:病毒、噬菌体、野生质粒等;
  BAC/Fosmid克隆测序;
  基因筛选;
  9K以上且未知参考序列的长片段测通。

技术路线

 

研究内容

  (1)文库构建完成后进行分析鉴定,包括库容量、插入片段大小、随机性、Blast结果等;
  (2)大规模测序组装完成后,进行组装评价,包括平均覆盖度、低质量区域、特殊结构等。

技术参数

一、 样本要求

  A. 生物组织 :如植物组织样品最好为黄化苗,以降低叶绿体污染;

  B. DNA样品:浓度≥50 ng/μL,DNA总量≥20 μg,OD260/280值:1.80~2.00;
  C. 病毒类、噬菌体及野生质粒等样品:需提供纯化后双链DNA样品,不接收无抗菌培养及提取。

二、 BAC/Fosmid克隆测序

  (1)涂布的平板;

  (2)穿刺或划线培养的菌株;
  (3)转化甘油菌或过夜振摇培养的菌株。

三、项目执行周期:

  单独建库周期为25个工作日,建库+测序的执行周期为55个工作日。

三、完成指标及提交结果:

  (1)完成指标

    A. Shotgun文库构建:
     文库插入片段大小可分为三类:2-3 Kb、4-6Kb、6-8Kb;
     转化后克隆80 % 以上插入片段的平均长度在要求范围内;
     库容量=基因组大小×覆盖度/平均片段大小。
    B. 建库+测序:
    达到精细图(Phase II)标准:1个Scafford、2个end、≤5 gap。
  (2)提交结果
    A. 建库项目:所有转化菌液及文库送检报告;
    B. 建库+测序项目:拼接报告。