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您现在的位置:网站首页科研服务META类16S-18S-ITS扩增子测序 > 16S/18S/ITS扩增子测序

概述

  扩增子测序是对特定长度的PCR产物或者捕获的片段进行测序,分析序列中的变异。16S/18S/ITS等扩增子测序即通过提取环境样品的DNA,选择合适的通用引物扩增16S/18S/ITS的某一或某几个区,使用Illumina MiSeq将目的区域正反向读通,通过检测目的区域的序列变异和丰度,对环境样本物种分类及丰度,种群结构,系统进化,群落比较等方面信息进行分析的研究方法。

  16S rDNA是细菌分类学研究中最常用的“分子钟”,其序列包含9个可变区(Variable region)和10个保守区(Constant region)。可变区因细菌而异,且变异程度与细菌的系统发育密切相关。通过检测16S rDNA的序列变异和丰度,可以了解环境样品中群落多样性信息。基于16S rDNA的分析在微生物分类鉴定,微生态研究等方面起到重要作用。

  18S rDNA或ITS(Internal Transcribed Spacer)被广泛应用在真菌分类鉴定中。18S rDNA在系统发育研究中较适用于种级以上阶元的分类。ITS属于中度保守的区域,利用它可研究种及种以下的分类阶元。

技术优势

  过程简单、易操作:环境样品(微生物群落)的最优解决方案,完全摆脱繁杂的菌株分离工作;
  准确性高:从碱基保守水平测定,真实反映物种情况;
  更为高效:与传统的研究方法相比,具有通量大、产出数据多;
  灵活:多种测序策略可满足16S/18S/ITS不同高变区域的研究需求。

研究内容

一、标准信息分析

1)数据处理
  去除低质量及含有接头(adapter)、读N碱基等的reads
  产出数据及质控统计
  Paired-end reads拼接为tags
  去除引物序列
2)标准信息分析
i 物种组成和丰度分析
  OTU及其丰度分析
  OTU聚类
  OTU韦恩图(2≤样本数或组数≤5)
  OTU PCA分析
  OTU Rank曲线
  物种及其丰度分析
  物种注释
  物种热图分析
  物种系统进化分析
ii 样品复杂度分析
  单个样品复杂度分析
  Alpha多样性分析
  Alpha多样性稀释曲线图
  组间样本Alpha多样性指数盒形图与差异检验(组别≥2,每组样品数≥3)
  样品间复杂度比较分析(n≥4)
  Beta多样性分析
  Beta多样性热图
  Beta多样性PCoA分析
  不同样品物种组成聚类分析
  iii 样品组间显著性差异因子(物种)分析(组别≥2,每组样品数≥3)
  iv 信息挖掘推荐

二、定制化分析case by case

  可结合客户的需求,协商确定信息分析内容。

技术参数

样品要求

基因组DNA: m≥200ng, c≥6ng/μL

PCR产物: m≥1 μg, c≥10 ng/μL

测序平台

HiSeq/MiSeq

指标

依具体环境而定,合同签订前沟通确认,不低于合同约定的数据量

周期

30-55个工作日

技术流程