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概述

  宏基因组学(Metagenomics)是将环境样品中的微生物群落作为整体进行研究的学科。宏基因组测序与其他研究环境群落的方法相比,具有通量大、产出数据多、更为高效的优势。不仅能够获得环境物种组成和丰度信息,还能进行功能基因分析,比较样品间基因差异,研究物种间代谢网络,通过深度挖掘具有应用价值的基因资源,为研究和开发新的微生物活性物质提供有力支持。

技术优势

  范围广:突破了不能培养微生物研究的限制,可对生境内所有微生物进行普查,不仅可获得环境微生物群落多样性信息,还可对基因功能活性进行挖掘。
  周期短:与传统微生物个体研究相比,可快速获得环境中微生物信息。

研究内容

一、标准信息分析

1)数据处理
  去除宿主污染
  产出数据及质控统计
2)宏基因组组装及概况
  组装前,通过K-mer分析评估样品的测序深度。
  组装后,比对上组装结果的reads进行GC-depth分析,结果显示为容易组装的reads的GC含量和depth范围。
3)物种组成和丰度
  将reads与已测细菌、真菌、古菌基因组数据库比对统计。
4)基因组组分
  基因成分(对contig≥500 bp的组装结果进行基因预测)
  前噬菌体
  可转座元件
5)构建非冗余基因集
6)基因功能分析
  基于KEGG数据库的功能注释
  基于CAZy(Carbohydrate-Active Enzymes)数据库的功能注释
  基于eggNOG (evolutionary genealogy of genes: Non-supervised Orthologous Groups)数据库的功能注释
  抗生素抗性因子分析
7)多样品比较分析(组数≥ 2,每组样品数 ≥ 10)
  筛选与样品分组显著相关因子(基因、功能)
  基于筛选因子对样品进行主成分分析(PCA)
  基于筛选因子对样品进行聚类分析
8)信息挖掘推荐
  数据库注释结果的初步应用
  不同环境样品研究进展分享

二、定制化分析case by case

  可结合客户的需求,协商确定信息分析内容。

技术参数

一、 样品要求

  DNA样品:≥2μg,≥30ng/μl

二、 测序策略

  <800bp小片段文库 HiSeq2500 PE125测序

三、指标

  >1G clean Data

四、项目周期

  >40-70个工作日

技术流程