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概述

  长链非编码RNAs(long non-coding RNAs,lncRNAs)是一类长度大于200 nt且不编码蛋白质的RNAs(不含rRNA),广泛存在于各种生物体内。lncRNAs参与表观遗传、转录以及转录后等多水平的调控过程,在生命活动中具有重要作用。华大科技推出的lncRNA测序服务,使用高通量测序技术结合先进的生物信息学分析,一次性获得样本中几乎全部的lncRNAs信息,为您全面、深入地研究lncRNAs的功能提供了全新的工具。

技术优势

  1.技术稳定,建库重复性好:同一样本重复建库相关性Pearson值大于0.993;

  2.基于高通量测序技术,可一次性获得样本中几乎全部的lncRNA信息;

  3.不局限于对已知lncRNA的研究,还可进行novel lncRNA的预测;

  4.除人和鼠外,还可应用于其他真核物种,可共同制定定制化研究方案。

研究内容

一、标准信息分析

  1. 基本数据统计

   1.1 去除接头序列、低质量序列得到clean data

   1.2 与核糖体数据库比对,去除核糖体RNA数据

  2. lncRNA鉴定

    2.1 转录本组装

    2.2 鉴定已知转录本(包括已知lncRNA)和新转录本

    2.3 预测新的lncRNA

  3.  lncRNA定量及差异表达分析

    3.1 lncRNA定量及差异分析(需至少2个样品)

    3.2 组间差异分析(需至少2组,每组至少3个样品)

    3.3 lncRNA差异表达模式聚类

  4.  lncRNA功能预测

    4.1 基于互补序列的lncRNA-mRNA互作分析

    4.2 基因上下游的lncRNA分析

    4.3 miRNA前体预测

   5.  lncRNA家族预测分类

二、高级信息分析

  1. CNC(coding-non-coding)共表达注释(需5对以上case+control)

  2. Pathway富集分析

技术参数

一、 样本要求

  样品类型:物种-人;完整且无污染的总RNA; FFPE样品;
  样品需求量:≥200ng;
  样品浓度:C≥20ng/μL ;
  样品纯度:RIN≥7.0 , 28S/18S≥1.0

二、 项目执行周期

  标准流程的运转周期约为50个工作日(20对以上样本需额外增加时间)。

三、项目合格指标

  产生不低于合同规定的clean data。