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概述

  全基因组酶切图谱(Optical mapping,简称OM)是基于限制性内切酶图谱的一项技术:通过微纳米加工技术将DNA单分子线性地固定在芯片上,使用限制性内切酶切割后再利用荧光标记所有的片段,最后根据荧光的强度和位置定义DNA片段的长度和位置。每个DNA分子都具有独特的酶切片段长度组合,利用这些DNA分子之间的重叠关系组装成基因图谱,利用这种图谱定位scaffold的位置关系并进行比较基因组分析。OM可以快速定位序列位置,已广泛应用于比较基因组学分析发现突变基因、辅助高通量测序的数据组装以及菌株分型。

技术优势

     组装的重要补充手段:酶切图谱属于物理图谱,不依赖于基因序列,是高通量测序后进行组装的重要补充手段;

     准确性高:酶切图谱在物理水平上进行片段定位,定位准确,可信度高。

研究内容

一、动植物

  酶切数据收集;

  数据组装及分析;

  OM数据辅助延伸scaffold。

 二、微生物

  酶切结果;

  数据组装及分析;

  OM图谱;

  Scaffold placement ;

  比较基因组学分析;

  菌株分型。

技术参数

一、 样本要求

  动植物样本:由于需要提取动植物样本中的大片段DNA,DNA的主带≥250 kb,建议送动植物样本材料。

  微生物样本:细菌DNA片段长度≥150 Kb;样品浓度:5-10条/image。

二、项目执行周期

  动植物样本:Optical Mapping标准流程的运转周期约为50个工作日。

  微生物样本:Optical Mapping一次制备标准流程的运转周期约为5个工作日。

三、项目合格指标(适用于动植物样本)

  产出不低于全基因组300 X的原始数据,平均分子大小不低于250 kb;

  利用OM数据连接scaffold从而构建supper-scaffold,N50提高至少一倍以上;
  定位能够被连接的scaffold的位置关系,并给出之间的gap的大小。