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概述

  将细菌基因组测序后从头进行组装,并最终组装为一条contig,即基因组的完整序列,也就是所谓的细菌完成图。在全基因组组装的基础上,进行基因组组分分析,功能注释等分析,推测ORF是否为真实蛋白编码序列,检查功能位点,分析共有序列或特征序列、单个基因或基因间相互作用、表达调控等功能,细菌完成图测序已取代传统方法成为研究细菌进化遗传机制,关键功能基因的重要工具。其应用主要有:可以预测一些重要基因和蛋白并了解其功能和可能机制,为后续更深入的研究提供候选位点;在研究病原菌的致病性与疾病的预防和治疗方面,可以鉴定致病相关基因、开发和研究疫苗、开发新型抗生素等;在研究细菌进化方面,可以研究种内进化关系。

平台优势

  除了久经考验的Illumina HiSeq平台,基于单分子成像技术的BioNano平台,为基因组de novo组装和染色体结构变异方面提供了全新的研究方法。PacBio RS单分子实时测序系统,无需PCR扩增,测序覆盖深度不受序列中 GC含量差异影响及其无与伦比的长序列读长等优势为合作伙伴提供优质的基因组组装等技术服务。

技术优势

  高精度:基因组检测成为细菌鉴定产业的金标准。

  高效运作:经典案例团队打造,兼顾商业合作、科研合作优势。

研究内容

一、基因组组装

二、基因组组分分析

  1) 基因成分;

  2) 重复序列;

  3) 非编码RNA;

  4) CRISPR;

  5) 前噬菌体;

  6) 基因岛。

三、基因功能分析

  1) 通用功能注释(默认KEGG、SwissProt、GO,可选Nr,COG);

  2) 动物病原细菌致病性和耐药性分析(适用动物病原细菌);

  3) 植物病原细菌致病性分析(适用植物病原细菌)。

四、信息挖掘推荐

五、比较基因组分析(需要参考序列)

  1) 结构变异(共线性);

  2) 共有基因和特有基因;

  3) 物种进化(基于共有基因和特有基因或基因家族构建系统进化树);

  4) 基因家族。

 

技术参数

一、 样本要求

  样本类型:DNA样品

  样品需求量:小片段文库≥ 2.5 μg;大片段文库≥10 μg
  样品浓度:≥ 30 ng/μl
  样品质量:基因组完整
  样品纯度:OD260/280= 1.8~2.0。260/230=2.0~2.2

二、执行周期

  30-50个工作日

三、项目指标

  1个contig,0 gap